JRS був заснований у листопаді 1980 року отцем Педро Аррупе SJ, тодішнім Генеральним настоятелем Товариства Ісуса, щоб відповісти на тяжке становище в’єтнамських біженців, які тікали зі своєї спустошеної війною батьківщини. Після закінчення війни у ​​В’єтнамі в 1975 році сотні тисяч жителів Південного В’єтнаму покинули свої домівки, вирушивши на переповнених човнах через Південно-Китайське море. Багато хто не витримав подорожі; вони були вбиті піратами або потонули через шторми та бурхливе море. Отець Аррупе відчув необхідність діяти. Він закликав єзуїтів «принести хоч трохи полегшення такій трагічній ситуації». Отець Аррупе написав до більш ніж 50 єзуїтських провінцій щодо ситуації, визнаючи, що єзуїти, які на той час налічували 27 000 чоловік по всьому світу, були добре підготовлені для координації глобальної гуманітарної допомоги. У міру того, як спалахнули конфлікти в Центральній і Латинській Америці, Південно-Східній Європі та по всій Африці, JRS швидко переросла від допомоги в’єтнамцям у човнах у кількох таборах у Південно-Східній Азії до роботи з біженцями по всьому світу. Майже через 20 років після нашого заснування JRS було офіційно зареєстровано як фонд Держави-міста Ватикан 19 березня 2000 року.

Єзуїтська служба біженців в Україні присутня у Львові з 2008 року, вона відкрила притулок для прийому біженців з Ірану, Іраку, Сомалі, Палестини, Афганістану та інших країн. З грудня 2014 року почали прибувати переселенці з Кримського півострова та з Донецької та Луганської областей. Усім людям, які шукали притулку у Львові, надали житло, харчування, юридичну та духовно-психологічну допомогу. З початку повномасштабного вторгнення в Україні Єзуїтська служба біженців в Україні використовувала всі свої ресурси для допомоги населенню, яке було переміщено внаслідок конфлікту. Сьогодні ми можемо ефективно реагувати на потреби переміщених осіб у поточній ситуації, зокрема, надаючи притулок, гуманітарну допомогу, психосоціальну підтримку та різноманітну допомогу в інтеграції у локальне середовище.