JRS була заснована у листопаді 1980 року отцем Педро Аррупе SJ, тодішнім Генеральним настоятелем Товариства Ісуса, щоб відповісти на тяжке становище в’єтнамських біженців, які тікали зі своєї спустошеної війною батьківщини. Після закінчення війни у ​​В’єтнамі, в 1975 році, сотні тисяч жителів Південного В’єтнаму покинули свої домівки, вирушивши на переповнених човнах через Південнокитайське море. Багато хто не витримав подорожі: вони були вбиті піратами або потонули через бурхливі хвилі. Отець Аррупе відчув необхідність діяти. Він закликав єзуїтів «принести хоч трохи полегшення в такій трагічній ситуації». Отець Аррупе написав до більш ніж 50 єзуїтських провінцій щодо ситуації, визнаючи, що єзуїти, які на той час налічували 27 000 людей по всьому світу, були добре підготовлені для координації глобальної гуманітарної допомоги. У міру того, як спалахували конфлікти в Центральній і Латинській Америці, Південно-Східній Європі та по всій Африці, JRS швидко переросла від допомоги в’єтнамцям у човнах у кількох таборах у Південно-Східній Азії до роботи з біженцями по всьому світу. 19 березня 2000 року, майже через 20 років після заснування, JRS було офіційно зареєстровано як фонд Держави-міста Ватикан.

Єзуїтська служба біженців в Україні діє у Львові з 2008 року, коли відкрили прихисток для біженців. За той час Служба стала притулком для біженців з Ірану, Іраку, Сомалі, Сирії, Палестини, Афганістану, Судану, Кот-д'Івуару, Таджикистану, Узбекистану та інших країн. У зв’язку з окупацією РФ Кримського півострова та частини східних областей України, з грудня 2014-го до прихистку почали прибувати вимушені переселенці з Криму, Донеччини і Луганщини. Також багато людей потребували гуманітарної, юридичної та психологічної допомоги. JRS активно реагувала на ці потреби. З 24 лютого 2022 року, коли РФ розпочала повномасштабне вторгнення в Україну, чисельність внутрішньо переміщених людей, які тікали від війни, збільшилася в багато разів. Країну спіткала серйозна гуманітарна криза, допомоги стали потребувати мільйони людей. Відповідаючи на потребу, наша організація розширила свою діяльність: відкрила ще один прихисток для переселенців та збільшила кількість напрямків своєї роботи.

На цей час JRS надає комплексну допомогу людям, які проживають у прихистку – жінкам з дітьми, літнім людям та людям з інвалідністю. Також наша Служба надає гуманітарну допомогу, юридичну підтримку та психологічний супровід людям з-поза прихистку. У співпраці з Державною службою зайнятості JRS сприяє пошуку роботи для ВПО. Крім того, наша організація співпрацює з багатьма школами, щоб мати змогу допомогти дітям внутрішньо переміщених осіб. А також долучається до допомоги ВПО в різних громадах Львівської області, особливу увагу звертаючи на інтеграцію переселенців у нові середовища.

З 2022 року допомога  JRS-Ukraine охопила понад 30 тисяч бенефіціарів.